Brak było rozstrzygnięć o charakterze naukowym. Wynikało to przede wszystkim z trudności w wykazaniu, że pewne własności układu złożonego nie są sprowadzalne do własności jego części. W tym sporze redukcjonizm był w sytuacji uprzywilejowanej, ponieważ było coraz więcej przykładów udanej redukcji obiektów złożonych do ich części. Takim najbardziej spektakularnym osiągnięciem redukcjonizmu była teoria atomowej budowy materii, która uporządkowała fizykę i chemię, stając się niekwestionowaną bazą nowoczesnego przyrodoznawstwa. Najpierw zredukowano do atomów wszystkie związki chemiczne, potem wyjaśniono ich własności i strukturę, a następnie zaczął się zwycięski marsz ku objaśnieniu własności coraz bardziej skomplikowanych obiektów i zjawisk: kryształów, cieczy, struktur komórkowych, procesów fizjologicznych