silnie zasadowy: ma reszty dodatnie w postaci zespołów dwuaminokwasowych (poz. 36­37 i 52­53) oraz rozproszone, w tym cztery zmodyfikowane lizyny: dwie acetylowane (poz. 14 i 23) oraz dwie metylowane (poz. 9 i 27). W obszarze karboksyloterminalnym cząsteczki znajduje się wiele reszt kwaśnych i hydrofobowych, w tym 29-aminokwasowa sekwencja (poz. 84­112) bez żadnego aminokwasu zasadowego, ale ze wspomnianymi dwiema cysteinami. W histonach H3 z kiełków grochu i erytrocytów kaczki występuje tylko po jednej reszcie cysteiny (por. [125]).<br>Wszystkie, tzn. ponad 20 histonów H3 różnego pochodzenia (od drożdży do człowieka), zbudowane są ze 135 aminokwasów. Wyjątek stanowi wariant H3