ważnych funkcji. Od 1957 r. był początkowo sekretarzem, a następnie wicedyrektorem Instytutu Historii PAN. W 1971 r. Objął stanowisko dyrektora tej wiodącej w Polsce naukowej placówki historycznej, którą z powodzeniem kieruje do dnia dzisiejszego. Za jego dyrektury nastąpił jej dalszy prężny rozwój i została zapoczątkowana ściślejsza instytucjonalna, owocna współpraca z uczelnianymi instytutami historycznymi, która doprowadziła do realizacji wielu wspólnych przedsięwzięć badawczych. <page nr=19> W latach 1968-1971 prof. Madajczyk piastował stanowisko zastępcy sekretarza Wydziału Nauk Społecznych PAN. Od kilkunastu lat przewodzi Komisji II Wojny Światowej Komitetu Nauk Historycznych PAN, która jest ważnym ośrodkiem dyskusyjnym nad węzłowymi problemami dziejów II wojny światowej i zarazem