ZOZ-y wynika, że wydano ponad 1 mln zł więcej, niż otrzymano. System rozdzielania funduszy samorządom, które przekazywały je ZOZ-om lub szpitalom, NIK uznała za korupcjogenny. Kierownictwo zakładów podpisywało umowy bez przetargów. Wybierano też firmy, które świadczyły droższe usługi lub wydzierżawiano sprzęt na zasadach gorszych, niż określone wcześniej w umowie. Kontrowersje kontrolerów NIK wzbudziło też tworzenie regionalnych programów restrukturyzacji. Ich przygotowanie, ocenę oraz monitorowanie przebiegu realizacji Ministerstwo Zdrowia powierzyło regionalnym grupom wsparcia, mimo iż obowiązek przygotowania i prowadzenia programów restrukturyzacyjnych i osłonowych dla zakładów opieki zdrowotnej należał do Departamentu Organizacji Ochrony Zdrowia tego resortu. NIK zwróciła też uwagę na powiązania