Drugim miejscem, z którym Haller związał swoje losy, była Getynga. Gdy w Bernie praktykował po prostu jako lekarz o przez rok zajmował stanowisko bibliotekarza przy Radzie Miejskiej, z Getyngi nadeszło zaproszenie do objęcia w nowo powstałym tam uniwersytecie stanowiska profesora anatomii, botaniki i chirurgii. Przyjął je i po spędzeniu w Getyndze siedemnastu lat opuścił miasto, bardzo wiele mu zawdzięczający uniwersytet w stanie rozkwitu, niezwykle ożywioną i owocną własną działalność naukową, organizacyjną i społeczną, m.in. redagowanie znanego czasopisma <gap>., w istocie porzucił również - choć pozostał dożywotnim jego prezesem - założone przez siebie Królestwie Towarzystwo Naukowe, by powrócić do Berna i otrzymać tu posadę