roku 1996 następują kolejne zmiany organizacyjne. Prezesem zostaje Jerzy Przedpełski. Klub ma trzy sekcje: piłki nożnej, koszykówki i kick-boxingu. W ostatnich latach powstaje sekcja lekkoatletyczna. Sukcesy osiągają koszykarze, głośno jest o pasłęckich kick-boxerach i lekkoatletach. Piłkarze ciężko pracują na pozycję jaką, mają obecnie. W roku 1999 drużyna Polonii awansuje do IV ligi, w której gra do dnia dzisiejszego. Jednocześnie trwają prace remontowe na stadionie, powstaje nowa płyta główna, trochę później boisko treningowe no i piękny budynek socjalny. Na stadionie mamy obecnie trzy boiska do gry w piłkę nożna. Boisko główne z doskonałą nawierzchnią ma 102 metry długości i 69