Antykatolickie stanowisko Reja, widoczne w Kupcu, nie jest wszakże doktrynalnie jasne. Z czasem Rej stanie się coraz bardziej aktywnym działaczem kalwińskim, ale o przesunięciu jego sympatii od luteranizmu do kalwinizmu zdecydowały nie tyle subtelności teologiczne, ile socjologicznie rozumiane względy grupowej, klasowej solidarności szlachty, dla której republikański ustrój gminy kalwińskiej był bliższy i bardziej zrozumiały.<br>W 1549 r., a więc w roku publikacji Kupca, Rej stanął w obronie księdza Walentego z Sieradza, plebana w Chrzczonowie, który ożeniwszy się popadł w ostry konflikt z biskupem krakowskim Maciejowskim. W rok potem bronił Mikołaja Oleśnickiego oskarżonego przed królem o wypędzenie paulinów z Pińczowa i oddanie