także zasługi prof. Madajczyka w rozwoju organizacyjnym nauki polskiej, do którego się przyczynił w trakcie pełnienia wielu ważnych funkcji. Od 1957 r. był początkowo sekretarzem, a następnie wicedyrektorem Instytutu Historii PAN. W 1971 r. Objął stanowisko dyrektora tej wiodącej w Polsce naukowej placówki historycznej, którą z powodzeniem kieruje do dnia dzisiejszego. Za jego dyrektury nastąpił jej dalszy prężny rozwój i została zapoczątkowana ściślejsza instytucjonalna, owocna współpraca z uczelnianymi instytutami historycznymi, która doprowadziła do realizacji wielu wspólnych przedsięwzięć badawczych. <page nr=19> W latach 1968-1971 prof. Madajczyk piastował stanowisko zastępcy sekretarza Wydziału Nauk Społecznych PAN. Od kilkunastu lat przewodzi Komisji II Wojny Światowej Komitetu