w Baltimore, w dniach 7-8 czerwca 1864 r., mianowali Johnsona swym kandydatem na wiceprezydenta. Dla Lincolna wygodnie było mieć wiceprezydenta demokratę i południowca. Symbolizowało to dążenie do pojednania i do jedności kraju. By upewnić się jednak, czy Johnson jest właściwym kandydatem, Lincoln wcześniej wysłał do Tennessee z misją rozpoznawczą generała Daniela E. Sicklesa. Generał Sickles zasięgnął opinii i w przedłożonym Lincolnowi raporcie wystawił Johnsonowi, jako gubernatorowi, dobrą opinię.<br>Po zwycięskich wyborach Johnson powrócił do Tennessee, by pracować nad odbudową stanu i przygotować stan do wyborów i ustanowienia władz cywilnych. Johnson z zadowoleniem powitał zniesienie niewolnictwa, choć ubolewał nad wysoką ceną