metoda kladystyczna ma wspólne epistemologiczne założenia z metodą fenetyki. Obie z metod badawczych łatwo przeradzają się w filozofie, u których podstaw stoi wiara w istnienie obiektywnego porządku w obecnym stanie przyrody ożywionej. Porządku dającego się zidentyfikować bezpośrednio, wyrażającego się w rozprzestrzenieniu cech wśród organizmów i niekoniecznie mającego przyczyny historyczne. Można go przedstawić ilościowo w postaci dendrogramu (fenetyka) bądź jakościowo w postaci kladogramu (kladystyka).<br>Sposobem pozwalającym na identyfikację naturalnego porządku w świecie ożywionym <br>jest określanie stopnia pokrewieństwa pomiędzy poszczególnymi taksonami organizmów. Pokrewieństwa rozumianego dosłownie, jako podobieństwo krwi, czyli podobieństwo genetyczne. Im bardziej ścisła zgodność cech, tym bliższe pokrewieństwo. Można przy tym porównywać taksony