gabinecie Roosevelta i pozostał na tym stanowisku do 1908 r. Jako sekretarz wojny nadal nadzorował politykę amerykańską na Filipinach.<br>William Taft poznał Teodora Roosevelta już wcześniej, kiedy pracował w Waszyngtonie jako główny adwokat rządowy przy Sądzie Najwyższym w latach 1890-1892. Wówczas zaprzyjaźnili się. Kiedy Taft został sekretarzem wojny, w gruncie rzeczy pełnił funkcję wykraczającą poza to stanowisko. Był równocześnie zaufanym doradcą Roosevelta i tzw. latającym ambasadorem do specjalnych poruczeń. Pewnego razu Roosevelt, udając się na urlop, powiedział dziennikarzom, że zostawia rząd w dobrych rękach, ponieważ Taft zostaje w Waszyngtonie. Roosevelt wysłał Tafta do Panamy, by sprawdził, jak posuwają się prace