Wilna dostał się szczęśliwie.<br>Klerycy, będący na wakacjach, przez radio rozgłośni wileńskiej zostali wezwani do natychmiastowego powrotu do seminarium. Ale wielu kolegów nie mogło dojechać, ku zmartwieniu ówczesnego rektora seminarium ks. prałata Jana Uszyłło.<br>Młodego kleryka Stanisława uczył między innymi gorliwy pedagog, ks. Michał Sopoćko, wielki apostoł Miłosierdzia Bożego i kierownik duchowy siostry Faustyny Kowalskiej, dziś już ogłoszonej błogosławioną.<br>Niedługo trwała nauka, tylko do 15.12. 1939 r. W tym właśnie dniu władze litewskie zamknęły Uniwersytet Stefana Batorego, by po pewnym czasie utworzyć Uniwersytet Litewski. Klerycy potajemnie kończyli prace magisterskie. Ks. Stanisław Pyrtek napisał pracę magisterską pod kierunkiem ks. profesora Michała