u szczytu kariery dyrektor szpitala św. Jakuba. Położył on ogromne zasługi dla rozwoju medycyny we Włoszech, ale uległ wynarodowieniu i bardziej czuł się Włochem niż Polakiem.<br>Po wyzdrowieniu Hernan nie chciał jechać z ojcem do Palestyny, zgodnie z wcześniej przyjętymi planami wielkiej podróży. Pragnął pozostać, aby przyjąć święcenia kapłańskie. 31 lipca 1887 roku odbyło się w Rzymie wyświęcenie Hernana Domeyki na księdza. Był obecny jego ojciec. 1 sierpnia odprawił pierwszą mszę świętą w krypcie przy grobie św. Piotra w Watykanie, a 2 sierpnia odprawił mszę w bazylice św. Cecylii w obecności wielkiej grupy Polaków. Kilka razy wyprawiał się do Włoch Jan