ze strony konfederatów. Rodzina Johnsona została również wyrzucona ze swej posiadłości. Dwóch starszych synów Johnsona walczyło w szeregach armii północnej, a zięć Johnsona prowadził walkę partyzancką w górach Tennessee przeciw konfederatom.<br>W lutym 1862 r. wojska Unii, pod dowództwem generała Granta, zajęły Nashville i część zachodnich rejonów Tennessee. Prezydent Lincoln mianował Johnsona gubernatorem wojskowym Tennessee, polecając mu wprowadzenie "pokoju i bezpieczeństwa dla lojalnych mieszkańców tego stanu do czasu, kiedy będą oni w stanie utworzyć władze cywilne", zgodnie z wymogami konstytucji Stanów Zjednoczonych. Johnson przyjął tę misję, ale przejął swe obowiązki dopiero w końcu 1863 r., kiedy cały obszar stanu Tennessee został