NIK uznała za korupcjogenny. Kierownictwo zakładów podpisywało umowy bez przetargów. Wybierano też firmy, które świadczyły droższe usługi lub wydzierżawiano sprzęt na zasadach gorszych, niż określone wcześniej w umowie. Kontrowersje kontrolerów NIK wzbudziło też tworzenie regionalnych programów restrukturyzacji. Ich przygotowanie, ocenę oraz monitorowanie przebiegu realizacji Ministerstwo Zdrowia powierzyło regionalnym grupom wsparcia, mimo iż obowiązek przygotowania i prowadzenia programów restrukturyzacyjnych i osłonowych dla zakładów opieki zdrowotnej należał do Departamentu Organizacji Ochrony Zdrowia tego resortu. NIK zwróciła też uwagę na powiązania personalne osób i firm przygotowujących regionalne programy restrukturyzacji z ludźmi dokonującymi ich oceny. W pracach Zespołu Ekspertów, oceniającego te programy, uczestniczyły osoby, które jednocześnie