wiążące jony manganu (centrum aktywne) znajduje się w regionie zawiasowym pomiędzy domenami: N-końcową i C-końcową. Miejsce wiążące Mn podobne jest do miejsca wiążącego Zn w Cu,ZnSOD (w której jednak jon cynku nie bierze udziału w katalizie). Podobnie jak w przypadku Cu,ZnSOD, katalityczny jon metalu znajduje się na dnie kieszeni tworzącej centrum aktywne. W kieszeni znajduje się kilka zasadowych (naładowanych dodatnio) reszt aminokwasowych i tylko trzy kwasowe (naładowane ujemnie) reszty aminokwasowe. Wydaje się, że podobnie jak w przypadku Cu,ZnSOD, zachodzi tu elektrostatyczne kierowanie substratu do centrum aktywnego. Kolejną cechą struktury różniącą MnSOD od Cu,ZnSOD jest obecność grupy