Maćkowiak i ks. Stanisław Pyrtek zaznali wielu cierpień i upokorzeń w więzieniu w Bracławiu. Stamtąd obydwu księży wraz z parafianami, którzy jeździli z prośbą o ułaskawienie księży, a których aresztowano, przewieziono 24. 12. 1941 r. do więzienia w Głębokiem. Tu trochę łagodniej obchodzono się z więźniami, a dzięki staraniom ludzi oddanych kapłanom, umieszczono ich w szpitalu.<br>Dnia 6.02. 1942 r. ks. dziekan Antoni Ziemkiewicz donosi arcybiskupowi Jałbrzykowskiemu: &lt;q&gt;"Ksiądz Maćkowiak i ksiądz Pyrtek wciąż jeszcze pozostają w areszcie. Przesłuchiwano obydwu tylko raz. Zarzutów jawnych nie ma. Ma się wrażenie, że dotychczas poszukują winy. Od początku mamy do nich dostęp... Po Nowym