nazywa się je kryptami jelitowymi (cryptae intestinales). Są one dobrze wykształcone i długie (0,4-0,7 mm), zajmują całą szerokość błony śluzowej, mają przebieg prosty (tylko u kozy kręty) oraz stosunkowo szerokie światło. W nabłonku krypt spotyka się komórki znajdujące się w trakcie podziału mitotycznego, co ma znaczenie dla odnowy nabłonka, oraz nieznaczną liczbę enterochromafinocytów. Przestrzenie między kryptami wypełnia blaszka właściwa błony śluzowej zbudowana z tkanki łącznej siateczkowej, z naczyniami krwionośnymi oraz nerwami. W blaszce tej występują pojedyncze grudki chłonne oraz granulocyty kwasochłonne, które mogą przenikać do nabłonka krypt. Blaszkę mięśniową błony śluzowej tworzą dwa pokłady (czasem kilka) komórek mięśniowych