1940 roku, a jego sprawa w NKWD nosiła numer 29044. Generał został zadenuncjowany do NKWD przez Józefa Paska. Przesłuchiwany przyznał, że jest oficerem wojska polskiego i nazywa się Mariusz Zaruski. NKWD zarzuciło Zaruskiemu, że był generałem armii polskiej, ukrywał się pod fałszywym dokumentem oraz - że dokument ten wydała mu "kontrrewolucyjna powstańcza organizacja" antyradziecka. Śledztwo trwało prawie rok, założono w NKWD specjalną teczkę dotyczącą tzw. sprawy <foreign>Zaruskowo</>. Wyrokiem "sądu" NKWD Zaruski jako <foreign>"socialno-opasnyj eliemient"</> został zesłany do kraju krasnojarskiego na 5 lat, lecz do miejsca zesłania nie dotarł... Zmarł bowiem w więziennym szpitalu w Chersoniu na Ukrainie 8 sierpnia 1941 r