Kolejne składniki hamiltonianu odpowiadają energii kinetycznej elektronów (będziemy ją dalej zapisywać jako Te), energii kinetycznej jąder (TN) oraz energii potencjalnej przyciągania elektronów i jąder, odpychania jąder i odpychania elektronów <gap>. Ponieważ funkcja falowa układu musi także zależeć od położeń wszystkich elektronów i jąder, równanie przybiera postać <gap> gdzie i R (bez indeksów) symbolizują skrótowo wszystkie współrzędne elektronowe i jądrowe. Wydawać by się mogło, że w tym równaniu współrzędne elektronów i jąder są przemieszane w sposób niemożliwy do rozdzielenia. Sytuacja upraszcza się jednak znacznie, kiedy zauważymy, że jądra atomowe są dziesiątki czy setki tysięcy razy cięższe od elektronów i poruszają się od nich znacznie