gróźb osobistych Johnson udał się do Tennessee, by zapobiec wystąpieniu jego stanu z Unii. Prości ludzie, zamieszkujący góry i doliny, opowiadali się za pozostaniem w Unii. Przeważyło jednak stanowisko bogaczy i plantatorów. Stan Tennessee przyłączył się do konfederacji. Johnson musiał szukać schronienia w sąsiednim Kentucky.<br>W Waszyngtonie Johnson domagał się zajęcia wschodniej części Tennessee przez wojska Unii, ponieważ większość mieszkańców tej części opowiadała się przeciw secesji. Z tego powodu ludność tej części stanu była poddana represji ze strony konfederatów. Rodzina Johnsona została również wyrzucona ze swej posiadłości. Dwóch starszych synów Johnsona walczyło w szeregach armii północnej, a zięć Johnsona prowadził walkę