zarazem najcenniejsze publikacje prof. Czesława Madajczyka są poświęcone problematyce lat drugiej wojny światowej. Składają się na nie 3 samodzielne książki, (<name type="tit">Generalna Gubernia w planach hitlerowskich.</> Warszawa 1962; <name type="tit">Polityka Trzeciej Rzeszy w okupowanej Polsce</>, t. I i II. Warszawa 1970; <name type="tit">Kultura europejska a faszyzm.</> Warszawa 1979), kilka opracowanych zespołowo tomów wydawnictw źródłowych (<name type="tit">Ludność cywilna w powstaniu warszawskim</>, t. I, cz. 1-2, II i III. Warszawa 1974; <name type="tit">Zamojszczyzna - Sonderlaboratorium SS</>, t. I i II. Warszawa 1977); Kilkadziesiąt mniejszych rozpraw naukowych i referatów oraz tyleż recenzji, głosów w dyskusji itp. Z tych wszystkich publikacji największym rozgłosem oraz z najpozytywniejszymi ocenami specjalistów spotkało się