Odtąd dostojnicy z Rady Pruskiej zasiadali w senacie, szlachta weszła do izby poselskiej, sejm pruski natomiast przekształcił się w sejmik generalny.<br><br>Potężny Gdańsk, obawiając się utraty swego uprzywilejowanego stanowiska, czynnie przeciwstawiał się tym decyzjom. Do konfliktu doszło w związku z flotą bałtycką, organizowaną przez Zygmunta Augusta na potrzeby wojny w Inflantach. Miasto, uznając swą pozycję w handlu morskim za zagrożoną, zaatakowało kaprów i okrutnie zemściło się na nich. Ostry spór zakończył się przeprosinami króla przez delegację Gdańska (1570) i powołaniem komisji pod przewodnictwem biskupa kujawskiego Stanisława Karnkowskiego, która dokonała kontroli działalności władz miejskich i opracowała dla miasta nowe statuty. Uprawniały one