Makowem Mazowieckim, Nasielskiem, Płońskiem, Lubiczem, Nową Wsią, Golubiem i Rypinem, bataliony pułku morskiego tylko przez 2 dni (w rejonie Ostrołęki) były dowodzone bezpośrednio przez jego dowódcę. W pozostałych rejonach walk podlegały dwóm dowódcom armii (1 i 5 armii) i 16 dowódcom różnych grup i podgrup operacyjnych, pułków, brygad i dywizji. Początkowo 1 batalion, wraz z dowództwem pułku, należał kolejno do grup operacyjnych dowodzonych przez generałów: Jana Wroczyńskiego, Bolesława Roję i Antoniego Barnowskiego. Pod Makowem i Nasielskiem podlegał dowódcy podgrupy - ppłk. Błeszyńskiemu.<br>Pod Płońskiem batalion walczył pod komendą płk. Gustawa Orlicz-Dreszera i płk. Franciszka Antoniego Zielińskiego, będąc wówczas pod względem organizacyjnym