rozwój i została zapoczątkowana ściślejsza instytucjonalna, owocna współpraca z uczelnianymi instytutami historycznymi, która doprowadziła do realizacji wielu wspólnych przedsięwzięć badawczych. <page nr=19> W latach 1968-1971 prof. Madajczyk piastował stanowisko zastępcy sekretarza Wydziału Nauk Społecznych PAN. Od kilkunastu lat przewodzi Komisji II Wojny Światowej Komitetu Nauk Historycznych PAN, która jest ważnym ośrodkiem dyskusyjnym nad węzłowymi problemami dziejów II wojny światowej i zarazem organem inspirującym podejmowanie nowych istotnych zadań badawczych. Spełnianie tej roli przez Komisję jest osobistym, bezspornym sukcesem prof. Madajczyka. Konto osiągnięć naukowo-organizacyjnych prof. Madajczyka rejestruje także zorganizowanie bądź współzorganizowanie przez niego kilku międzynarodowych oraz kilku krajowych sesji naukowych poświęconych problematyce drugiej