Środkowej, od 1990 roku - wtedy to naród wybrał go na pierwszą kadencję. Trybunał Konstytucyjny niepodległego już Kirgistanu uznał jednak, że wybory przebiegały jeszcze w ZSRR, tak że za prawdziwą, pierwszą kadencję można uznać tę rozpoczętą w 1995.<br>W roku 2000 Alijew wygrał ponownie, ale tym razem opozycja dopatrzyła się wielu fałszerstw. Trzecia lub druga "prawdziwa" kadencja Alijewa przebiegała pod znakiem walki z opozycją, zaangażowania się USA i Rosji w regionie w związku z wojną w Afganistanie oraz walki z rodzimymi radykalnymi ugrupowaniami islamskimi - Hizb ut-Tahrir oraz Islamskim<br>Ruchem Uzbekistanu. Ten ostatni trzy razy najeżdżał kirgiskie ziemie z baz w Tadżykistanie