kpt. mar. Bohdan Jarociński, dowódca bazy i kompanii sztabowej - por. mar. Bronisław Leśniewski, adiutant (szef sztabu) - por. mar. Edward Rozenbaum, oficer prowiantowy (kwatermistrz) - por. mar. Heliodor Laskowski, szef służby technicznej - ppłk mar. inż. Ksawery Czernicki, inżynier flotylli - por. mar. inż. Hilary Sipowicz, lekarz - por. mar. lek. Witold Fleury i oficer kasowy - urzędnik cywilny Julian Brzozowki. W skład flotylli wchodziły: trzy dywizjony bojowe (II zorganizowany z 5 lekkich statków uzbrojonych, III zorganizowany z czterech ciężkich statków uzbrojonych i IV, w którym było 16 motorówek uzbrojonych), dywizjon monitorów budowanych w Gdańsku oraz grupa statków zarekwirowanych (remontowanych i uzbrajanych aż do 20 sierpnia 1920