IV, mimo że sam przyjął katolicyzm, edyktem nantejskim przyznał innowiercom prawie całkowite równouprawnienie i swobodę kultu. W Szwajcarii większość kantonów opowiedziała się za reformacją, która zapanowała tam w wersji bardziej niż luteranizm radykalnej. Ośrodkiem myśli religijnej stała się Genewa, gdzie Jan Kalwin (1509-1564) stworzył wzór reformacyjnej gminy rządzonej przez konsystorz, do którego w jednej trzeciej wchodzili duchowni, a w dwu trzecich świeccy przedstawiciele miasta. Surowe obyczaje zapanowały w mieście: zakazano zabaw, zwierzchność miała prawo kontrolować życie osobiste mieszkańców, bezwzględnie karano odstępstwa od doktryny jako herezję. Za swym poprzednikiem, Ulrykiem Zwinglim (1484-1531) działającym w Zurychu, Kalwin odrzucał realną obecność Chrystusa