1954 w Państwowej Komisji Planowania Gospodarczego. Równolegle prowadził zajęcia dydaktyczne w Szkole Głównej Handlowej, po jej przekształceniu w Szkole Głównej Planowania i Statystyki, jako asystent, adiunkt i zastępca profesora, w końcu w latach 1954-1962 jako profesor Uniwersytetu Warszawskiego. Od r. 1953, tj. chwili jego utworzenia, pracuje w Instytucie Geografii (obecnie Instytutu Geografii i Przestrzennego Zagospodarowania) Polskiej Akademii Nauk, jako kierownik Zakładu oraz w latach 1959-1960 i od 1972 jako zastępca dyrektora do spraw nauki.<br>Jerzy Kostrowicki prowadził również kilkakrotnie wykłady na uczelniach zagranicznych (jako Visiting Professor w University of Minnesota - 1962, University of Oregon i University of Washington 1966