Stanisława uczył między innymi gorliwy pedagog, ks. Michał Sopoćko, wielki apostoł Miłosierdzia Bożego i kierownik duchowy siostry Faustyny Kowalskiej, dziś już ogłoszonej błogosławioną.<br>Niedługo trwała nauka, tylko do 15.12. 1939 r. W tym właśnie dniu władze litewskie zamknęły Uniwersytet Stefana Batorego, by po pewnym czasie utworzyć Uniwersytet Litewski. Klerycy potajemnie kończyli prace magisterskie. Ks. Stanisław Pyrtek napisał pracę magisterską pod kierunkiem ks. profesora Michała Sopoćki. Ks. Stanisław Pyrtek ukończył seminarium i 16.06. 1940 r. przyjął święcenia kapłańskie, których udzielili diakonom ks. arcybiskup wileński Romuald Jałbrzykowski. Mszę św. prymicyjną odprawił w kaplicy Matki Bożej Ostrobramskiej.<br>Pierwsze cierpienie duchowe, jakiego doznał