Filipinach nie dłużej niż rok. W lipcu 1901 r. został jednak mianowany pierwszym cywilnym gubernatorem wysp i pozostał na tym stanowisku do 1904 r.<br>Jako gubernator Filipin czuwał nad umocnieniem kontroli amerykańskiej nad tym krajem. Budowano w tym celu drogi i porty. Taft zreorganizował system sądowniczy na Filipinach. Starał się torować drogę dla eksportu produktów filipińskich. Przekonywał Kościół katolicki, który był właścicielem ogromnych obszarów ziemskich, aby wydzierżawił lub sprzedał ziemię chłopom pod uprawę. W 1902 r. udał się nawet specjalnie w tej sprawie do Rzymu na rozmowy z papieżem Leonem XIII.<br>Ze względu na swą tuszę, Taft nie czuł się najlepiej w