linii potomkami organizmów archaiku, z czasów, kiedy na Ziemi panowały warunki całkiem odmienne od dzisiejszych. Przystosowania te okazały się jednak wtórne. Zgodnie z podobnym rozumowaniem, bakterie zielone i purpurowe miałyby do dziś przechować pierwotną formę fotosyntezy w warunkach beztlenowych opartą na bakteriochlorofilu. Pozwala im to na syntezę cukrów z CO2 z użyciem energii promieniowania słonecznego i protonów (H+) wziętych z H2S, H2 lub związków organicznych. Sinice w swoim układzie fotosyntetyzującym II mają natomiast polipeptydy zawierające mangan, który katalizuje rozkład wody, dostarczając protonów do późniejszej asymilacji dwutlenku węgla. Wbrew tym próbom ułożenia dzisiejszych organizmów w "drabinę jestestw" ukorzenioną w archaiku są powody do