W wieku XVI napotykamy w Akademii niejedną wybitną indywidualność, na uwagę zasługuje też uporządkowanie zbiorów bibliotecznych. Były one stopniowo powiększane za sprawą legatów i darowizn profesorskich, a w 1559 r. zyskały trwałą podstawę w postaci specjalnego funduszu utworzonego z inicjatywy Benedykta z Koźmina. Prawdą jest jednak, że Akademia jako instytucja zastyga wówczas w tradycyjnych kształtach, coraz bardziej niechętna wszelkim nowościom. Że broni się przed nowinkami religijnymi, to jeszcze nie wada; że niechętnie dopuszcza tematy humanistyczne - to już jednak dowodzi konserwatyzmu; że wdaje się w długoletni spór z Towarzystwem Jezusowym - to już można wytłumaczyć tylko małostkową zawiścią. Na pocieszenie odnotujmy tylko, że