Po skończeniu gimnazjum w Nowym Targu wstąpił do Seminarium Duchownego w Krakowie. Tam po raz pierwszy zetknął się z bp. Karolem Wojtyłą. Został wyświęcony na kapłana blisko 35 lat temu, 23 czerwca 1963 r. Razem z nim święcenia kapłańskie otrzymało 24 diakonów, m.in.: bp Tadeusz Rakoczy - ordynariusz diecezji bielsko-żywieckiej, ks. Jan Bielański - kustosz Katedry Wawelskiej, ks. Jan Dyduch - kanclerz Kurii Krakowskiej, ks. Mieczysław Łukaszczyk - proboszcz parafii św. Katarzyny w Nowym Targu. Od 1963 r. ks. Stanisław Dziwisz pracował jako wikariusz w parafii w Makowie Podhalańskim. W 1965 r. wrócił do Krakowa i zrobił licencjat. W 1966 r. został mianowany