Kiedy po zamordowaniu McKinleya Teodor Roosevelt objął prezydenturę, dwukrotnie oferował Taftowi nominację na sędziego Sądu Najwyższego, ale Taft postanowił przyjąć inną ofertę od prezydenta. 1 lutego 1904 r. został sekretarzem wojny w gabinecie Roosevelta i pozostał na tym stanowisku do 1908 r. Jako sekretarz wojny nadal nadzorował politykę amerykańską na Filipinach.<br>William Taft poznał Teodora Roosevelta już wcześniej, kiedy pracował w Waszyngtonie jako główny adwokat rządowy przy Sądzie Najwyższym w latach 1890-1892. Wówczas zaprzyjaźnili się. Kiedy Taft został sekretarzem wojny, w gruncie rzeczy pełnił funkcję wykraczającą poza to stanowisko. Był równocześnie zaufanym doradcą Roosevelta i tzw. latającym ambasadorem do specjalnych