Stefan wyniósł z Siedmiogrodu doświadczenie w rządzeniu krajem wielowyznaniowym, nie zamierzał więc naruszać obowiązującej w Rzeczypospolitej tolerancji. Zarazem jednak pragnął pozyskać sobie duchowieństwo katolickie. Doprowadził do zaakceptowania przez episkopat polski uchwał soboru trydenckiego, zrównał prawa kolegium jezuickiego w Wilnie z Akademią Krakowską, tworząc Akademię Wileńską. Ustanowił także w zdobytych protestanckich Inflantach biskupstwo katolickie i sprowadził do miast inflanckich zakon jezuitów, co jednak wywołało zatargi między miejscową ludnością a nie zawsze tolerancyjnymi zakonnikami.<br><br>Jan Zamoyski. Żywiołem Batorego, jak zgodnie stwierdzali współcześni, była wojna. W rządach wewnętrznych król opierał się na kanclerzu i hetmanie wielkim koronnym, Janie Zamoyskim, wykształconym i zdolnym polityku. Zamoyski