r. Sprawy zagraniczne odgrywały ważną rolę, zwłaszcza w drugiej kadencji prezydenckiej Jeffersona. Wpływ Madisona na bieg spraw zagranicznych nie był jednak duży, gdyż Jefferson osobiście sprawował kontrolę nad kierunkiem polityki zagranicznej Stanów Zjednoczonych. Niektórzy historycy piszą wprost, że Jefferson był w znacznym stopniu swoim własnym sekretarzem stanu.<br>W każdym razie Madison, jako sekretarz stanu, nie był przeszkodą dla Jeffersona. Przeciwnie, był lojalnym członkiem jego administracji i cieszył się zaufaniem prezydenta. W 1808 r. Jefferson, mimo namowy ze strony przyjaciół, odmówił ubiegania się o trzecią kadencję. Udzielił jednak poparcia aspiracjom prezydenckim Jamesa Monroego z Wirginii. Ale członkowie Kongresu z partii demokratycznych republikanów