RFT powstają nie tylko w wyniku oddychania, ale również w wielu reakcjach zredukowanych form składników komórki z tlenem (p. 1.4.5).<br>Niewiele jest reakcji metabolicznych, które wymagałyby RFT jako substratów. Niemniej jednak można takie reakcje znaleźć. Nadtlenek wodoru jest przecież substratem peroksydaz. W komórkach roślinnych peroksydazy utleniają wiele związków, m.in. flawonoidy. Grzyby rozkładające drewno uwalniają na zewnątrz grzybni zarówno peroksydazy, jak i H2O2, by móc trawić ligninę. Reakcja peroksydazowa pomaga zresztą w tworzeniu ligniny, głównego składnika drewna. Substratem dla ligniny są fenole powstające z aminokwasów fenyloalaniny i tyrozyny. Utlenienie tych fenoli do rodników fenoksylowych (które polimeryzują tworząc ligninę) katalizuje co