Podchloryn może atakować komórki bakteryjne, zaburzając funkcjonowanie błony komórkowej i reagując z enzymami istotnymi dla komórek bakteryjnych, m.in. z syntazą ATP. Fagocyty zawierają aminy takie jak tauryna i spermina. Reakcje podchlorynu z tymi związkami prowadzą do powstania odpowiednich N-chloroamin (p. 1.3.7), które są bardziej trwałe, a mają również właściwości bakteriobójcze.<br>Część badaczy zajmujących się wybuchem oddechowym fagocytów uważa, że reakcja mieloperoksydazy jest głównym czynnikiem bakteriobójczym fagocytów. Wrodzony niedobór mieloperoksydazy nie prowadzi jednak do bardzo poważnych skutków chorobowych w postaci radykalnie podwyższonej skłonności do infekcji bakteryjnej. Osoby dotknięte tym niedoborem nękane są natomiast niekiedy przez ogólnoustrojowe infekcje wywołane