W przypadku MnSOD drożdży S. cerevisiae (to już organizm eukariotyczny, ale mitochondrialna MnSOD drożdży jest przecież podobna do manganowej dysmutazy bakterii) ligandami atomu manganu są reszty histydyn w pozycjach 26, 81 i 172 oraz reszta asparaginianu w pozycji 168. Miejsce wiążące jony manganu (centrum aktywne) znajduje się w regionie zawiasowym pomiędzy domenami: N-końcową i C-końcową. Miejsce wiążące Mn podobne jest do miejsca wiążącego Zn w Cu,ZnSOD (w której jednak jon cynku nie bierze udziału w katalizie). Podobnie jak w przypadku Cu,ZnSOD, katalityczny jon metalu znajduje się na dnie kieszeni tworzącej centrum aktywne. W kieszeni znajduje się kilka