2000 Alijew wygrał ponownie, ale tym razem opozycja dopatrzyła się wielu fałszerstw. Trzecia lub druga "prawdziwa" kadencja Alijewa przebiegała pod znakiem walki z opozycją, zaangażowania się USA i Rosji w regionie w związku z wojną w Afganistanie oraz walki z rodzimymi radykalnymi ugrupowaniami islamskimi - Hizb ut-Tahrir oraz Islamskim<br>Ruchem Uzbekistanu. Ten ostatni trzy razy najeżdżał kirgiskie ziemie z baz w Tadżykistanie.<br>Mieszkańcy Kirgistanu zastanawiają się, czy prezydent Akajew, stosując się do posowieckiej tradycji regionu obejmie w 2005 roku urząd po raz czwarty, czy też przeprowadzi demokratyczne wybory. - Nowe poprawki przyjęte ostatnio do konstytucji mogą spowodować, że kandydowanie po raz czwarty