też wyjątkowe zasługi dla amerykańskiego programu Apollo. Swego czasu zdołał przekonać NASA, by większą uwagę przywiązywano nie do politycznego aspektu wypraw na Księżyc, lecz do badań naukowych. Marzył o tym, by zostać astronautą. Uczył geologii astronautów misji Apollo. Prowadził wiele wypraw terenowych, szkoląc ich, jak szukać najlepszych próbek skał i identyfikować różnorodne zjawiska geologiczne. Na pomysł wysłania prochów Shoemakera na Księżyc wpadła Carolyn Porco, niegdyś jego studentka, dziś doktor nauk planetarnych w Lunar and Planetary Laboratory w Tuscon. Porco wspomina, że dwa lata przed śmiercią Shoemaker mówił: "Największym rozczarowaniem mojego życia jest to, że nigdy nie poleciałem na Księżyc i nie