podstawie tej ewidencji Unia Europejska ma przekazywać Polsce jako krajowi członkowskiemu tzw. dopłaty bezpośrednie do rolnictwa. IACS ma kontrolować całość upraw, hodowli i produkcji żywności oraz określać wysokość pomocy z budżetu UE dla poszczególnych gospodarstw rolnych, które będą objęte unijnymi dopłatami. System jest niezbędny, aby Polska jako członek Unii mogła korzystać z tej dotacji. Krytyczne oceny NIK dotyczą prawidłowości zamówień publicznych przy wdrażaniu systemu, prawidłowości umów zawieranych przez Agencję, stosowania procedur realizacji zamówień przez fundację Fundusz Współpracy, która kupowała sprzęt komputerowy do systemu oraz formy i trybu nadzoru nad Agencją przez ministrów rolnictwa z rządu AWS - Jacka Janiszewskiego i Artura Balazsa