Są to głównie olejki eteryczne, lecz również i inne związki, a nawet cząsteczki tlenu. Działają one dwojako: niszcząc bakterie bezpośrednio drogą kontaktową lub też pośrednio przez zmianę struktury jonowej. Już stężenie rzędu 40 mg/100 m<hi rend="upper">3</> ogranicza po 20 min liczbę bakterii około 40%; w większych stężeniach fitoncydy prawie całkowicie sterylizują powietrze. Fitoncydy występują nierównomiernie w różnych typach roślinności, z tym, że lasy produkują ich najwięcej. Latem obfitość fitoncydów np. w dąbrowie świetlistej powoduje, że jest ona prawie pozbawiona bakterii. W innych typach zbiorowisk roślinnych występuje przeciętnie około 200 500 bakterii w 1m<hi rend="upper">3</> powietrza, podczas gdy np. w miastach - 4000 8000