Reguły ortograficzne mają zazwyczaj charakter konwencjonalny, w żadnym języku naturalnym zapis słów nie opiera się w pełni na odwzorowaniu wymowy, a ustalone konwencje ortograficzne wiążą się z różnymi uwarunkowaniami: rozwojem historycznym (również znaczeniowym) wyrażeń języka, sposobem ich zapożyczania, zmianami wewnątrzsystemowymi, np. specyficznym dla danego języka rozwojem głosek lub etymologią ludową, czy wreszcie przyjętym w danym języku typem pisma. W pewnych tylko wypadkach przy nauce ortografii języka polskiego można posiłkować się odpowiedniością głosek w innych językach słowiańskich. Uczymy dla przykładu, że polskiemu ortograficznemu rz odpowiada rosyjskie miękkie r, por. rzeka – ŕeka (река). Nie sposób jednak ustalić w ten sposób jakichś bezwyjątkowych zasad. W zapisie słowa utrwalone zostały jego dzieje.
Polski wyraz chuligan zapisujemy przez ch, ponieważ do polszczyzny wszedł on za pośrednictwem języka rosyjskiego, w którym odpowiada słowu χuligan (хулиган), choć jego źródeł należy szukać w angielskim hooligan (być może od irlandzkiego nazwiska Houlihan – etymologia podana przez Andrzeja Bańkowskiego w jego słowniku etymologicznym i w Słowniku wyrazów obcych PWN jest nieścisła). Zapis czeski chuligán również wskazuje na rosyjskie pochodzenie, a już np. chorwacki huligan przemawia za inną drogą zapożyczenia.
Słowo puchar w dziejach polszczyzny było zapisywane rozmaicie: w XVIII w. puhar, w wieku XIX puhar, lecz również puchar (tak u Lindego, pocz. XIX w.), w Słowniku warszawskim (początek XX w.) przy haśle puhar odnotowany został jego wariant graficzny puchar, a Słownik ortograficzny Arcta z 1936 roku (wydany po reformie ortograficznej) sankcjonuje wyłącznie pisownię puchar. Najdawniejszy sposób zapisu tylko częściowo nawiązuje do czeskiego pohár – w języku czeskim wyraz ten pojawił się z języka węgierskiego (por. węg. pohár), choć można by rozważyć również wpływ średnio-wysoko-niemieckiego becher (współcześnie niem. Becher). Do polszczyzny wyraz puhar/puchar przedostał się również z języka węgierskiego, lecz najprawdopodobniej za pośrednictwem języka ukraińskiego (lub języków ruskich), w którym na podstawie węgierskiego etymonu utworzono kilka słów o nieco odmiennych sensach, m.in. póhár (погар) ‘kubek, kielich’ i puhár (пугар) ‘szklanka, szklany kielich’. Jak widać, na gruncie ukraińskim doszło do specyfikacji znaczeniowej, a ponieważ polskie puchary używane w XVII i XVIII wieku były często wykonane ze szkła, do polszczyzny została zaadaptowana forma z u. Zmiana h w ch mogła mieć dwie przyczyny: po pierwsze, poza pograniczem ruskim, słowackim, morawskim i czeskim w wymowie nie odróżniano głosek zapisywanych jako h i ch (obie wymawiano bezdźwięcznie), stąd – w wyniku działania procesów adaptacyjnych – puhacz stał się puchaczem, a puhar – pucharem; po drugie – możliwe, że na zmianę ortograficzną wywarły pewien wpływ wyrazy puchaty ‘nadęty, krągły’ lub puchać ‘wąchać’, albo – co chyba najbardziej prawdopodobne – pucha (dziś puszka) ‘naczynie z wiekiem albo pokrywą’ (współcześnie np. w terminologii kościelnej odróżnia się kielich na wino od puszki na hostie, choć oba wyrazy oznaczają dość podobne przedmioty). Ten drugi rodzaj oddziaływań moglibyśmy nazwać atrakcją asocjacyjną, wspierałby ją fakt, że niektóre dawne puchary były naczyniami z wieczkiem.
Wyraz pułk-ow-nik jest derywatem rzeczownika pułk (wskazany w pytaniu problem ortograficzny spróbuję wyjaśnić właśnie na przykładzie tego rzeczownika). Ma on różnie brzmiące odpowiedniki słowiańskie, por. ros. połk (полк), czes. pluk ‘pułk, tłum’, chorw. pȗk ‘lud’, które wywodzą się z prasłowiańskiego *pl̥kъ/*pъlkъ ‘gromada ludzi’ – prasłowo jest dawną pożyczką germańską z *fulka – ‘ludzie, ludzie zbrojni’, por. staro-wysoko-niemieckie folk ‘tłum’ (jego współczesny niemiecki kontynuant to Volk ‘naród, lud’). Postać brzmieniowa tych wyrazów w językach słowiańskich wiąże się z odmiennym rozwojem sonantu twardego l̥ lub tautosylabicznej grupy ъl (jak być może w językach wschodniosłowiańskich), które dawały różne efekty wokalizacji: współczesnym śladem ъl w językach wschodniosłowiańskich jest oł, stąd połk, natomiast w języku czeskim sonantyczne l̥ zachowało się do XIII w., a następnie przeszło w lu albo lú (stąd pluk), z kolei w języku serbsko-chorwackim l̥ już w XIV w. przeszło w u (zanik głoski l nie jest niczym dziwnym, np. po polsku mówimy mowa, choć dawniej była to mołwa). W polszczyźnie analizowany twardy sonant po spółgłoskach tylnojęzykowych (k, g, χ) przechodził w eł (stąd Chełm, zgiełk, okiełznać), po przedniojęzykowej w łu (stąd np. słup, długi, tłuc), natomiast nie ma pewności, jaki był jego kontynuant po wargowej, czego przykładem może być słowo pułk. Dawne złożenia, por. Świętopełk, Pełko, Pełczyn, sugerowałyby, że dawał on eł, jednak przykłady XVI-wieczne świadczą o wymowie połek, połk lub rzadko pułek, pułk, a potem półk. Możliwe, że forma z o jest zapożyczeniem z języka ruskiego, choć w podręcznikach do gramatyki historycznej języka polskiego można przeczytać, że ewolucja omawianego sonantu na gruncie polskim w tym wyrazie przebiegała następująco: l̥ → oł → uł bądź: l̥ → oł lub uł. Bez względu na to, czy pierwotna polska postać to *pełk, czy może *połk, długie o w poświadczonym w XVI wieku słowie pōłk uległo pochyleniu (wymawiano je jako dźwięk pośredni między głoską o a głoską u), co w zapisie oddaje się za pomocą kreski nad o, a następnie utożsamiło się z u. Zapis pułk jest dość późny, jeszcze słownik Lindego preferuje formy połek, połk, choć odnotowuje pułk i półk jako hasło odsyłaczowe, w tzw. Słowniku wileńskim (1861) słowo połek traktuje się jako przestarzałe, a za formę podstawową uznaje się półk (z wariantem pułk), natomiast Słownik warszawski uprzywilejowuje postać pułk. Ustalenie się pisowni wyrazu pułk przez u wiąże się m.in. z tym, że w jego odmianie w żadnej formie nie pojawia się o (ten argument został wysunięty już przez Deputację Warszawską w Rozprawach i wnioskach o ortografii polskiej z 1830 r.), a także dlatego, że w języku staro-cerkiewno-słowiańskim w miejscu polskiego o znajduje się jer twardy, który przed ł odpowiada polskiemu u (to z kolei argumentacja ks. Xsawerego Franciszka Malinowskiego). Podobna zmiana odnosiła się także do wyrazu obówie i innych.
Jak widać na przykładzie omówionych słów, nie da się odpowiedzieć na Pana pytanie w sposób ogólny i w odniesieniu do całego zasobu leksyki zapisywanej odmiennie w języku polskim i w innych językach słowiańskich. Za każdym razem trzeba przebadać dzieje konkretnych wyrazów, uwzględniając ich etymologię, zmiany głoskowe oraz możliwe oddziaływania na nie innych wyrazów.