Wśród badaczy zajmujących się etymologią nie ma zgodności co do tego, czy rzeczowniki prącie i pręt są wyrazami pokrewnymi (tzn. zostały utworzone bezpośrednio lub pośrednio od jednego wyrazu podstawowego). Według jednych prącie pochodzi od prasłowiańskiej formy *prǫtьje ‘gałązki, witki, rózgi’, a ta z kolei od formy *prǫtъ ‘pręt’ (*prǫtьje ← *prǫtъ + przyrostek *-ьje). Inni dowodzą natomiast, że w XVI stuleciu występowała forma prądzie męskie (‘penis’), związana etymologicznie z również poświadczonym w XVI-wiecznym piśmiennictwie rzeczownikiem odczasownikowym prędanie w znaczeniu ‘wzbieranie’. To wskazywałoby na związek prącia z czasownikiem *prędać (‘wzbierać’), który z kolei ma swoje źródło w prasłowiańskiej formie *prǫdъ ‘szybki bieg, nurt wody’. Warto tu wspomnieć, że prasłowiański prąd jest rzeczownikiem odczasownikowym od formy *pręsti (← *prętti ← *prędti), która oznaczała ‘wykonywać szybkie gwałtowne ruchy, poruszać, machać ciałem lub częścią ciała’.

Możliwe jest zatem, że prącie to przekształcenie istniejącej wcześniej postaci prądzie przez skojarzenie z rodziną rzeczownika pręt (por. W. Boryś, Słownik etymologiczny języka polskiego, Kraków 2005).