Przede wszystkim element pracownika urzędu miasta należy wydzielić przecinkami z obu stron (obecnie jest on tylko oddzielony od pozostałej części zdania z lewej strony).
Jeśli chodzi o formę określenia (legitymujący się czy legitymująca się), to tu zdecydowanie właściwszy jest rodzaj żeński – to Pani X, nie zaś pracownik urzędu miasta, legitymuje się jakimś dokumentem. Rzeczownik pracownik, choć ma rodzaj męski, odnosi się w tym wypadku do kobiety. Przede wszystkim jednak w tej konstrukcji nadrzędny jest rzeczownik Pani, a wyrażenie pracownik urzędu miasta jest jego określeniem; również jego określeniem jest wyraz legitymujący się.
Poprawna więc postać interesującego Pana zdania to:
Upoważniam Panią…, pracownika urzędu miasta, legitymującą się….