Zgodnie z zasadami transkrypcji z języka rosyjskiego powinno być Ilmień. Zapis Ilmen, znacznie częściej spotykany w tekstach internetowych, podają m.in. publikacje encyklopedyczne PWN, przy czym niektóre z nich wymieniają Ilmień jak możliwy wariant zapisu.
Wniosek jest taki: Ilmień to zapis wzorcowy, Ilmen wariantywny, uzasadniony zwyczajem językowym.