Informację, iż imię to ma pochodzić od baskijskiej nazwy miejscowej Etxabier, która oznacza 'nowy dom', podaje kilka źródeł, np. internetowa witryna Behind the Name (www.behindthename.com), w innych źródłach nazwa ta ma formę Etcheberria. Istnieje też opinia, jakoby imię to wywodziło się od arabskiego wyrazu o znaczeniu 'jasny'. Nie ulega natomiast wątpliwości, iż imię Xavier, od którego pochodzi nasze Ksawery, było pierwotnie przydomkiem dodawanym do imienia św. Franciszka Ksawerego (1506-52). Święty był Baskiem, a jego przydomek powstał od nazwy zamku Xavier (dziś Javier w Nawarze, niedaleko Pampeluny), w którym ten święty się urodził.