Podpis kwalifikowany składany jest zawsze dla całego dokumentu elektronicznego. Podpis tego rodzaju jest umieszczany w strukturze pliku i nie ma swojego podglądu. Wyjątkowo w plikach PDF możliwe jest umieszczenie tzw. parafki podpisu elektronicznego (symbolu graficznego naszego podpisu elektronicznego). W odróżnieniu od papierowej formy dokumentu parafka podpisu elektronicznego nie jest naszą sygnaturą, lecz zwykłą informacją, że złożono podpis kwalifikowany. Jest to prostokąt w formie hiperłącza zawierający takie dane, jak: imię, nazwisko, datę złożenia podpisu. Po kliknięciu w hiperłącze znajdziemy więcej informacji dotyczących daty ważności certyfikatu kwalifikowanego, numeru identyfikacyjnego użytkownika czy jego obywatelstwa. Parafka podpisu nie jest wymagana na dokumentach, ale często dodaje się ją w celu prostszej weryfikacji podpisu elektronicznego. Zwyczajowo umieszcza się ją w tym miejscu, w którym w tradycyjnym, fizycznym dokumencie złożylibyśmy swój podpis, a w więc w pismach po formule pożegnalnej, a w umowach na ich końcu w obszarze zarezerwowanym dla podpisów stron.